El argumento de El puente de Alcantara gira alrededor de tres personajes representativos de las tres culturas que hacia la segunda mitad del siglo XI convivian en la Peninsula. Mohamed Ibn Amar es un poeta andaluz de origen arabe; Yanus Ibn Al Ahwar, un medico judio, y Lope, un joven escudero cristiano enamorado de la hija del medico. Tras un encuentro durante el sitio de Barbastro (1604), los caminos de estos tres personajes se bifurcan para converger de nuevo anos despues en Sevilla. A traves de las peripecias de estos tres personajes, Baer pinta un colorido fresco de la Espana de la epoca, al tiempo que reconstruye la evolucion de las relaciones entre las culturas y religiones que representan cada uno de ellos.